Perpustakaan STIEM BONGAYA menempati gedung seluas 210 meter persegi. Koleksinya sekitar 17.710 eksampler dengan 3.117 judul yang berupa buku teks, literatur, majalah, jurnal ilmiah, surat kabar, dal lainnya.

Proses pelayanan dan sirkulasi buku telah dikelola secara profesional, sehingga memudahkan bagi pustakawan dengna mahasiswa peminjam koleksi untuk memanfaatkan perpustakaan ini sebaik-baiknya. Pustakawan yang melayani aktivitas peminjaman sebanyak 5 orang.