STIEM BONGAYA juga memiliki laboratorium manajemen yang merupakan pusat latihan kegiatan praktek manajemen bagi mahasiswa program studi Manajemen jenjang S1. Laboratorium manajemn ini diharapkan dapat meningkatkan pemahaman mahasiswa terhadap aplikasi manajemen secara manual dan komputerisasi meliputi penganggaran perusahaan, manajemen keuangan dan lanjutan, serta statistik.
