STIEM BONGAYA juga telah dilengakapi dengan laboratorium komputer akuntansi yang merupakan pusat latihan kegiatan praktek. Komputer akuntansi bagi mahasiswa jurusan akuntansi jenjang S1. Laboratorium komputer akuntansi ini diharpaakan dapat meningkatkan pemahaman mahasiswa terhadap aplikasi program komputer akuntansi sesuai kebutuhan stakeholder saat ini.
