STIEM BONGAYA menyediakan beasiswa bagi Mahasiswa setiap tahunnya, untuk memberi motivasi kepada mahasiswa dalam bersaing meraih prestasi bidang akademik, olahraga, dan prestasi lainnya.
Beasiswa tersebut bersumber dari hasil kerjasama STIEM BONGAYA dengan :
1. Yayasan Pendidikan Bongaya Ujung Pandang
2. Peningkatan Prestasi Akademik (PPA)
3. KIP Kuliah
STIEM BONGAYA juga memberikan keringanan, terutama yang terkait dengan pembayaran uang kuliah, khusus bagi mahasiswa yang berprestasi dibidang olahraga. STIEM BONGAYA membebaskan pembayaran uang kuliah selama 2 semester bagi mereka yang berprestasi di tingkat regional, 4 semester bagi mereka yang berprestasi di tingkat nasional, dan bebas pembayaran uang kuliah sampai selesai bagi mereka yang berprestasi di tingkat internsional. Mereka yang telah berprestasi di tingkat Internasional pada cabang olahraga karate, panahan, dan anggar yaitu masing-masing Arief Taufan, Kusuma Wardani, dan Zainuddin.